16 июня 1999 года приказом №1679 Министерства общего и профессионального образования Российской Федерации ПГУ получил право ведения образовательной деятельности по специальности 040100 Лечебное дело со сроком обучения 6 лет по очной форме обучения. До 2003 года был факультетом ПГУ и только 10 лет назад был реорганизован в отдельный институт. С момента образования и до настоящего времени институт возглавляет д.м.н., профессор Александр Николаевич Митрошин. 28 ноября 2013 года в здании Медицинского института Пензенского государственного университета была открыта Мемориальная доска в честь бывшего первого секретаря Пензенского обкома КПСС Сергея Михайловича Бутузова. На основании приказа ректора ПГУ № 857/О от 29.09.14 г. в структуре Медицинского института были сформированы Лечебный факультет и Факультет стоматологии.
В составе Медицинского института работает 16 кафедр. Занятия проводят высококвалифицированные преподаватели, среди которых 22 доктора и 65 кандидатов наук. Медицинский институт реализует 16 программ интернатуры, 23 программы ординатуры и 6 направлений аспирантуры. Обучение на медицинском факультете ведется согласно Федеральному государственному образовательному стандарту. Срок обучения - 6 лет.
Седьмой год обучения проходит в клинической интернатуре и ординатуре, после чего выпускник получает сертификат специалиста и имеет право самостоятельно работать по специальности. Студенты имеют возможность избрать специальность из следующего квалификационного ряда: терапевт, кардиолог, хирург, онколог, травматолог-ортопед, дерматовенеролог, акушер-гинеколог, невропатолог, психиатр и др. После окончания учебы в институте избрав любимую специальность, врачу предоставляется право продолжить образование в двухгодичной клинической ординатуре, а тем, у кого имеется склонность к научно-исследовательской работе, - в аспирантуре.
Особое внимание студенты уделяют научно-исследовательской работе на медицинскую тематику, их работы были неоднократно отмечены премиями и дипломами. Каждый год проводятся проводятся ежегодные олимпиады по различным дисциплинам, конкурс на лучший студенческий научный кружок. Осуществляется воспитательная работа для повышения интеллигентности, конкурентоспособности, культуры поведения студентов.